ستاد مرکزی موسسه خیریه همدلان مددرسان طوبی به عنوان یک سازمان مردم ‌نهاد، غیردولتی، غیرانتفاعی و غیرسیاسی فعالیت می‌کند. تمامی فعالیت‌های موسسه در چارچوب قوانین و مقررات جمهوری اسلامی ایران و با مجوز رسمی سازمان بهزیستی کشور در تهران انجام می شود و در حال حاضر در هیچ یک از استانهای کشور شعبه دیگری ندارد.

ارکان موسسه عبارتند از:

الف ) هیئت امناء (رکن تصمیم گیری)

هیئت امناء متشکل از ۱۱ نفر بوده که به صورت افتخاری فعالیت داشته و عالی ترین مرجع تصمیم گیری، سیاست گذاری و نظارت در موسسه می‌باشند و بصورت عادی و فوق العاده تشکیل جلسه خواهند داد.

ب ) هیئت مدیره (رکن اداره و اجرا)

نماینده قانونی هیئت امنا بوده و وظایف اجرایی، اداری و نظارتی مؤسسه را بر عهده دارد. این هیئت متشکل از ۶ عضو اصلی و ۱ عضو علی‌البدل بوده و برای مدت سه سال انتخاب می‌شود. البته انتخاب مجدد اعضای هیئت مدیره برای دوره‌های بعدی بلامانع است.

ج ) بازرس یا بازرسان (رکن نظارت)

مجمع عمومی هیئت امناء یک نفر را به عنوان بازرس اصلی انتخاب نموده است که وظیفه دارد بر عملکرد مالی و حقوقی موسسه نظارت داشته و گزارش‌های لازم را به هیئت امنا ارائه دهد . موسسه دارای ۱ بازرس اصلی است که برای مدت یک سال انتخاب می‌شود.

دارندگان حق امضا:

تمامی اسناد و اوراق بهادار و تعهدآور موسسه با امضای مدیرعامل و نایب‌رئیس هیئت مدیره همراه با مهر موسسه معتبر خواهد بود.