مؤسسه خیریه همدلان مددرسان طوبی به عنوان یک سازمان مردم‌نهاد، غیردولتی، غیرانتفاعی و غیرسیاسی فعالیت می‌کند. کلیه فعالیت‌های مؤسسه در چارچوب قوانین و مقررات جمهوری اسلامی ایران و با مجوز سازمان بهزیستی کشور انجام می‌گیرد.
ستاد مرکزی خیریه در تهران قرار دارد و با هدف گسترش خدمات، برنامه‌ریزی جهت تأسیس نمایندگی در سایر استان‌ها و شهرستان‌ها در دستور کار قرار دارد. حوزه فعالیت مؤسسه در سطح ملی تعریف شده است.
ارکان مؤسسه عبارتند از:
۱- هیئت امنا
۲- هیئت مدیره
۳- بازرس
هیئت امنا متشکل از اعضای مؤسس و اصلی است و بالاترین مرجع سیاست‌گذاری و نظارتی خیریه به شمار می‌رود.
هیئت مدیره نماینده قانونی هیئت امنا بوده و وظایف اجرایی، اداری و نظارتی مؤسسه را بر عهده دارد. این هیئت متشکل از ۶ عضو اصلی و ۱ عضو علی‌البدل بوده و برای مدت سه سال انتخاب می‌شود. انتخاب مجدد اعضای هیئت مدیره برای دوره‌های بعدی بلامانع است.
بازرس وظیفه دارد بر عملکرد مالی و حقوقی مؤسسه نظارت داشته و گزارش‌های لازم را به هیئت امنا ارائه دهد. مؤسسه دارای ۱ بازرس اصلی است که برای مدت یک سال انتخاب می‌شود.
دارندگان حق امضا: کلیه اسناد و اوراق بهادار و تعهدآور مؤسسه با امضای مدیرعامل و نایب‌رئیس هیئت مدیره همراه با مهر مؤسسه معتبر خواهد بود.